虎頭山褐根病樹木處理方式如下: - 虎頭山公園部分範圍具有珍貴性考古遺址存在，為保存遺址而採取不下挖之生態防治方法，利用兩種生長勢較樹木褐根病菌更強勢之菌種，來與樹木褐根病菌進行木質殘體競爭，加速木質殘體的分解，以降低褐根病菌的族群，並避免褐根病菌產生子實體，藉此抑制病菌擴散。
- 另虎頭山內多為登山步道機具無法進入，將染病樹木伐除以避免遊客安全風險後，樹體皆現地堆放，並採取生態防治方法抑制褐根病菌擴散。
- 遠離遺址範圍區域且機具可進入地區則採取傳統的樹頭挖除與土壤燻蒸作業，全部樹體載運至焚化廠焚燒，以防止病菌擴散，染病區域土壤透過燻蒸方式將存留於土壤內帶病枝條也一併殺菌，以達全面防除。
- 機具可進入區域，樹幹體無病菌者部分會載運至風管處空地堆置，染病樹頭則同樣以挖除焚燒及土壤燻蒸防治處理。
- 機具可進入區域，如樹幹體也染病者，將會將其運至焚化廠焚燒，染病樹頭則同樣以挖除焚燒及土壤燻蒸防治處理。